El jueves 16 de junio comienzan las excavaciones en los yacimientos de la sierra de Atapuerca, dirigidas por Juan Luis Arsuaga, José María Bermúdez de Castro y Eudald Carbonell. En junio excavarán alrededor de 75 personas en los yacimientos Sima del Elefante, Galería, Gran Dolina y Cueva del Mirador. En julio llegará el resto del Equipo de Excavación de Atapuerca, llegando a sumar unas 280 personas en total. En julio se excavará, además de en los yacimientos citados, en los de Cueva Mayor (Portalón, Sima de los Huesos y Galería de las Estatuas) y en el asentamiento al aire libre de Fuente Mudarra. Ese mes se iniciará la labor de lavado de sedimento a orillas del río Arlanzón.
La mayoría de las personas que excavan en la sierra de Atapuerca pertenecen a distintos centros de investigación del Proyecto Atapuerca: Universidad de Burgos (UBU), Centro Nacional de Investigación sobre la Evolución Humana de Burgos (CENIEH), Instituto de Paleoecología Humana y Evolución Social (IPHES - Tarragona), Centro de Evolución y Comportamiento Humanos (Universidad Complutense de Madrid - ISCIII) y Universidad de Zaragoza (UNIZAR). También hay investigadores de otras universidades y centros de investigación nacionales e internacionales.
La Fundación Atapuerca, como complemento a la financiación que la Junta de Castilla y León destina a las excavaciones, coordinará el funcionamiento de la campaña con respaldo organizativo, administrativo, económico, logístico, de mantenimiento, de comunicación y de organización de eventos.