El Patronato de la Fundación está compuesto mayoritariamente por instituciones de naturaleza privada, aunque también incluye instituciones de derecho público. Además de los patronos, la Fundación cuenta con más de cincuenta entidades que colaboran en sus programas de actividades y de investigación.
Los patronos constituyen la savia de la Fundación Atapuerca, ya que, sin su valiosa y estrecha colaboración, no sería posible llevar a cabo esta labor. Todos ellos comparten afinidad con el proyecto y en el futuro, su contribución será aún más relevante, no solo como apoyo, sino como generadores de ideas que fortalecerán el pensamiento estratégico y el desarrollo de nuevos proyectos.
Asimismo, la Fundación cuenta con un equipo de profesionales comprometido con el desarrollo y éxito de los fines fundacionales. Esta estructura interna se organiza en varias áreas clave, que abarcan desde la gestión y apoyo a la investigación, hasta la divulgación científica del proyecto Atapuerca.