Los yacimientos de la sierra de Atapuerca son conocidos desde finales del siglo XIX. En los años cincuenta el Grupo Espeleológico Edelweiss (GEE), de Burgos, empezó catalogar y cartografiar la Cueva Mayor. En 1962, miembros del GEE comunican la existencia de fósiles en la Trinchera de Ferrocarril a las autoridades. Diez años más tarde el GEE descubre la Galería del Sílex y en 1976 localizaron restos craneales de homínidos en la Sima de los Huesos. Pero no es hasta el año 1976 cuando comienza la historia del Proyecto Atapuerca, cuando el ingeniero de minas, Trinidad Torres, encontró en la Sima de los Huesos restos humanos. Se lo comunicó al paleontólogo Emiliano Aguirre y desde ese mismo momento es cuando Emiliano Aguirre apuesta por estudiar e investigar los yacimientos de la sierra de Atapuerca. Por ello, en 1978 elaboró un proyecto de investigación dando comienzo a las primeras excavaciones en los yacimientos de esta sierra burgalesa. Emiliano Aguirre estuvo al frente de las excavaciones hasta el año 1991, año en el que se jubiló y dejó la dirección del Proyecto de Investigación de Atapuerca a Juan Luis Arsuaga, José María Bermúdez de Castro y Eudald Carbonell, vicepresidentes y fundadores de la Fundación Atapuerca. Los tres codirectores crearon un equipo de excavación multidisciplinar, el cual obtuvo el Premio Príncipe de Asturias de Investigación Científica y Técnica en el 1997.
El Equipo de Investigación de Atapuerca (EIA) está integrado por cerca de 300 especialistas de 22 nacionalidades distintas de 30 disciplinas diferentes. Trabajan durante la excavación cada verano en los yacimientos de la sierra de Atapuerca, y el resto del año desde universidades y centros de investigación con los que la Fundación colabora.