La visita transcurre por la denominada Trinchera del Ferrocarril, un paso artificial de roca caliza abierto en la sierra a principios del siglo XX que sacó a la luz los numerosos restos arqueo-paleontológicos que dan lugar a tres de los yacimientos más significativos de Atapuerca, y que hoy se pueden visitar: la Sima del Elefante, Galería y la Gran Dolina. En época de excavación (junio y julio) la visita transcurre por el sendero de los miradores paralelo a la trinchera del ferrocarril.
Conviene recordar que los yacimientos se encuentran ubicados en un entorno natural y, por tanto, cuentan con las limitaciones propias que una visita a dichos espacios puede implicar. Es posible que el recorrido no sea accesible a personas con problemas de movilidad.