La Universidad de Burgos cuenta con dos grupos de investigación sobre evolución humana y Prehistoria, y el Proyecto Atapuerca.
El equipo de microfauna del grupo de investigación Aragosaurus-IUCA, del Departamento de Ciencias de la Tierra de la Universidad de Zaragoza se encuentra liderado por la Dra. Gloria Cuenca Bescós.
Este Centro, surgido del convenio entre la Universidad Complutense de Madrid y el Instituto de Salud Carlos III, está dirigido por el Profesor Juan Luis Arsuaga.
Creado en 2006, está ubicado en Tarragona. Dirigido por el arqueólogo Robert Sala lo integran unas 60 personas.
El Centro Nacional de Investigación sobre la Evolución Humana (CENIEH) se encuentra situado en la ciudad de Burgos y, desde julio de 2009, es uno de los tres edificios que componen el llamado Complejo de la Evolución Humana. Su actual directora es la doctora María Martinón-Torres.